Les avantages du séquençage de troisième génération, illustré par Oxford Nanopore, ne sont plus à démontrer. Les longues lectures permettent de résoudre la structure de génomes complexes, tels que les génomes polyploïdes ou avec un grand nombre de régions répétées. Côté transcriptome, elles offrent une meilleure description des ARN et de la modélisation de la transcription alternative. Toutefois, l’analyse de ces données de séquençage reste difficile sur le plan informatique en raison du taux élevé d’erreurs de séquençage (environ 10 %), du volume des données et de la complexité intrinsèque des objets biologiques concernés.
L’objectif de ce mini-symposium est de faire le point sur les questions bioinformatiques soulevées par l’analyse des longues lectures et les contributions récentes qui ont été proposées pour résoudre ces questions. Un accent particulier sera mis sur le séquençage d’ARN ou d’ADN complémentaire
Programme
15:10 – Introduction
15:15 – Chromosome-scale assemblies using Nanopore long reads and Bionano optical maps, Benjamin Istace (CEA/Genoscope)
15:40 – Oxford Nanopore data analysis at IBENS Genomics core facility, Charlotte Berthelier, Laurent Jourdren, Sophie Lemoine (Plateforme génomique, Institut de Biologie de l’ENS, IBENS)
16:05 – Single Cell Isoform-level profiling (10xGenomics scRNAseq and Nanopore long read sequencing), Kevin Lebrigand (UCAGenomiX, Functional Genomics Platform of Nice-Sophia-Antipolis)
16:30 – A short review of error-correction tools for Nanopore RNA-seq data, Rayan Chikhi (Institut Pasteur)
16:50 – Transcript-level aware long read correction, Lucile Broseus (Institut de Génétique Humaine, Montpellier)
17:10 – Transcriptome profiling of mouse samples using Nanopore sequencing of cDNA and RNA molecules: an update, Eric Cumunel (LBBE, Lyon)
17:25 – Gene and isoform clustering for Nanopore RNA reads, Quentin Bonenfant (CRIStAL, Lille)
Organisateurs
Inscriptions
